Nicht ein LINQ-Problem. Wenn Sie sie für Ihr Schema benötigen, dann verwenden Sie sie. Wenn nicht, lassen Sie es. So oder so, LINQ wird Ihr Schema sehr gut verarbeiten.
Ein Bereich, den LINQ to SQL nicht gut handhabt, sind Mapping-Tabellen mit mehreren Spalten/Schlüsseln, die verwendet werden, um eine viele-zu-viele-Beziehung zu verbinden, aber ich würde nicht sagen, dass dies streng unter die Kategorie fällt, die Ihre Frage anspricht. Sie können immer noch CRUD-Operationen auf einer Mapping-Tabelle innerhalb von LINQ durchführen, aber LINQ kann die Beziehung, die durch eine Many-to-Many-Mapping-Tabelle dargestellt wird, nicht durchlaufen. (LINQ funktioniert gut mit Eins-zu-Eins- und Eins-zu-Vielen-Tabellen).
Ich kann nicht auf ein Problem mit dem Entity Framework sprechen, aber auch hier wäre ich sehr überrascht, wenn das EF irgendwelche Probleme mit mehrspaltigen / Multischlüsseltabellen hätte.