Die Dokumentation für os.stat() hat eine Notiz, auf der steht:
Die genaue Bedeutung und Auflösung der st_atime, st_mtime, und st_ctime Mitglieder hängt vom Betriebssystem Betriebssystem und dem Dateisystem ab. Für Beispiel: Auf Windows-Systemen mit den FAT- oder FAT32-Dateisystem verwenden, hat st_mtime eine 2-Sekunden-Auflösung, und st_atime hat nur eine 1-Tages-Auflösung. Siehe Ihre Dokumentation des Betriebssystems für Einzelheiten.
Zum Beispiel Windows verwendet die FILETIME-Struktur zur Darstellung der Dateizeiten eine Auflösung von 100 Nanosekunden. Ich würde erwarten, dass Python dies "weiß" und Ihnen die bestmögliche Auflösung gibt. Ist es möglich, dass Sie Dateien auf einem FAT-Dateisystem verwenden?