Koeffizient der Inzucht / Wrights Algorithmus / Genetik

Question

Ich suche nach einem guten Pseudocode - oder noch besser nach tatsächlichen Codeausschnitten - zur Implementierung von Wrights Algorithmus in einer Genealogie-Datenbank, die ich für Schafe in einer SQL Server-Datenbank gespeichert habe.

Ich habe ein sehr altes C-Programm, das gegen eine flache Textdatei funktioniert hat, bis die Population so groß wurde, dass der Algorithmus zusammengebrochen ist - da das gesamte Ding im Speicher erledigt wurde, wäre eine Implementierung gegen eine Datenbank bevorzugt...

Hat jemand so etwas gesehen, auf das sie mich hinweisen können?

Answer 1

Wenn Sie nicht selbst codieren möchten, können Sie das Python Pypedal-Paket für die Berechnung des Inzuchtkoeffizienten verwenden, das die Verwendung von SQL-Datenbanken unterstützt.

Der Code von Pypedal zur Berechnung des Inzuchtkoeffizienten befindet sich hier.

Answer 2

In der Genealogie beziehen wir uns hierbei als Verwandtschaftskoeffizient (COR). Es gibt einige Java-Code hierfür, der für ein Neo4j PlugIn entworfen wurde auf GitHub; es ruft dort auf eine andere Funktion. Es nutzt die Pfadlängen zwischen Individuen zu gemeinsamen Vorfahren, um den COR zu berechnen. Mit Inzucht gibt es mehrere gemeinsame Vorfahren und "Pedigree Collapse", was auch viel einfacher zu SVG-Visualisierung der Graphen ist.