Generierung einer PNG mit matplotlib, wenn DISPLAY nicht definiert ist

Question

Ich versuche, networkx mit Python zu verwenden. Wenn ich dieses Programm ausführe, erhalte ich diesen Fehler. Fehlt etwas?

#!/usr/bin/env python

import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt

G=nx.Graph()
G.add_node(1)
G.add_nodes_from([2,3,4,5,6,7,8,9,10])
#nx.draw_graphviz(G)
#nx_write_dot(G, 'node.png')
nx.draw(G)
plt.savefig("/var/www/node.png")

Traceback (most recent call last):
  File "graph.py", line 13, in 
    nx.draw(G)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 124, in draw
    cf=pylab.gcf()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 276, in gcf
    return figure()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 254, in figure
    **kwargs)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 90, in new_figure_manager
    window = Tk.Tk()
  File "/usr/lib/python2.5/lib-tk/Tkinter.py", line 1650, in __init__
    self.tk = _tkinter.create(screenName, baseName, className, interactive, wantobjects, useTk, sync, use)
_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

---

Jetzt erhalte ich einen anderen Fehler:

#!/usr/bin/env python

import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt

matplotlib.use('Agg')

G=nx.Graph()
G.add_node(1)
G.add_nodes_from([2,3,4,5,6,7,8,9,10])
#nx.draw_graphviz(G)
#nx_write_dot(G, 'node.png')
nx.draw(G)
plt.savefig("/var/www/node.png")

---

/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/__init__.py:835: UserWarning:  Dieser Aufruf von matplotlib.use() hat keine Auswirkung,
weil das Backend bereits ausgewählt wurde;
matplotlib.use() muss *vor* pylab, matplotlib.pyplot
oder matplotlib.backends importiert werden, bevor es zum ersten Mal verwendet wird.

  if warn: warnings.warn(_use_error_msg)
Traceback (most recent call last):
  File "graph.py", line 15, in 
    nx.draw(G)
  File "/usr/lib/python2.5/site-packages/networkx-1.2.dev-py2.5.egg/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 124, in draw
    cf=pylab.gcf()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 276, in gcf
    return figure()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 254, in figure
    **kwargs)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 90, in new_figure_manager
    window = Tk.Tk()
  File "/usr/lib/python2.5/lib-tk/Tkinter.py", line 1650, in __init__
    self.tk = _tkinter.create(screenName, baseName, className, interactive, wantobjects, useTk, sync, use)
_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

---

Jetzt erhalte ich einen anderen Fehler:

#!/usr/bin/env python

import networkx as nx
import matplotlib
import matplotlib.pyplot
import matplotlib.pyplot as plt

matplotlib.use('Agg')

G=nx.Graph()
G.add_node(1)
G.add_nodes_from([2,3,4,5,6,7,8,9,10])
#nx.draw_graphviz(G)
#nx_write_dot(G, 'node.png')
nx.draw(G)
plt.savefig("/var/www/node.png")

---

/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/__init__.py:835: UserWarning:  Dieser Aufruf von matplotlib.use() hat keine Auswirkung,
weil das Backend bereits ausgewählt wurde;
matplotlib.use() muss *vor* pylab, matplotlib.pyplot
oder matplotlib.backends importiert werden, bevor es zum ersten Mal verwendet wird.

  if warn: warnings.warn(_use_error_msg)
Traceback (most recent call last):
  File "graph.py", line 15, in 
    nx.draw(G)
  File "/usr/lib/python2.5/site-packages/networkx-1.2.dev-py2.5.egg/networkx/drawing/nx_pylab.py", line 124, in draw
    cf=pylab.gcf()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 276, in gcf
    return figure()
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/pyplot.py", line 254, in figure
    **kwargs)
  File "/usr/lib/pymodules/python2.5/matplotlib/backends/backend_tkagg.py", line 90, in new_figure_manager
    window = Tk.Tk()
  File "/usr/lib/python2.5/lib-tk/Tkinter.py", line 1650, in __init__
    self.tk = _tkinter.create(screenName, baseName, className, interactive, wantobjects, useTk, sync, use)
_tkinter.TclError: no display name and no $DISPLAY environment variable

Answer 1

Das Hauptproblem ist, dass (auf Ihrem System) matplotlib standardmäßig ein x-verwendendes Backend auswählt. Ich hatte gerade dasselbe Problem auf einem meiner Server. Die Lösung für mich bestand darin, den folgenden Code an einer Stelle hinzuzufügen, die vor jedem anderen pylab/matplotlib/pyplot-Import gelesen wird:

import matplotlib
# Force matplotlib to not use any Xwindows backend.
matplotlib.use('Agg')

Die Alternative besteht darin, es in Ihrer .matplotlibrc zu setzen

Answer 2

Genau wie als Ergänzung zu Reinouts Antwort.

Der dauerhafte Weg, um diese Art von Problem zu lösen, besteht darin, die Datei .matplotlibrc zu bearbeiten. Finden Sie sie über

>>> import matplotlib>>> matplotlib.matplotlib_fname()
# Dies ist der Dateispeicherort in Ubuntu
'/etc/matplotlibrc'

Dann ändern Sie das Backend in dieser Datei in backend : Agg. Das ist es.

Answer 3

Die saubere Antwort ist, sich ein wenig Zeit zu nehmen, um Ihre Ausführungsumgebung korrekt vorzubereiten.

Die erste Technik, um Ihre Ausführungsumgebung vorzubereiten, besteht darin, eine matplotlibrc-Datei zu verwenden, wie von Chris Q. weise empfohlen, und

backend : Agg

in dieser Datei festzulegen. Sie können sogar steuern — ohne Änderungen am Code — wie und wo matplotlib nach der matplotlibrc-Datei sucht und sie findet.

Die zweite Technik, um Ihre Ausführungsumgebung vorzubereiten, besteht darin, die MPLBACKEND-Umgebungsvariable zu verwenden (und Ihre Benutzer darauf hinzuweisen, diese zu nutzen):

export MPLBACKEND="agg"
python 

Dies ist praktisch, da Sie noch nicht einmal eine weitere Datei auf der Festplatte bereitstellen müssen, um dies zu erreichen. Ich habe diesen Ansatz bereits bei Tests in der kontinuierlichen Integration und beim Ausführen auf entfernten Maschinen ohne Bildschirme verwendet.

Ihr Matplotlib-Backend in Ihrem Python-Code hart zu kodieren, um "Agg" zu sein, ist wie mit einem großen Hammer ein quadratisches Stück in ein rundes Loch zu schlagen, wenn Sie stattdessen einfach matplotlib mitteilen könnten, dass es ein quadratisches Loch sein muss.

Answer 4

Ich habe den Fehler bekommen, als ich matplotlib durch Spark verwendet habe. matplotlib.use('Agg') funktioniert nicht für mich. Am Ende funktioniert der folgende Code für mich. Mehr hier

import matplotlib.pyplot as plt.
plt.switch_backend('agg')

Answer 5

Ich werde nur wiederholen, was @Ivo Bosticky gesagt hat, was übersehen werden kann. Setzen Sie diese Zeilen ganz am ANFANG der py-Datei.

import matplotlib
matplotlib.use('Agg') 

Oder man würde einen Fehler erhalten

\*/usr/lib/pymodules/python2.7/matplotlib/\_\_init\_\_.py:923: UserWarning:  Dieser Aufruf von matplotlib.use() hat keine Auswirkung,
weil das Backend bereits ausgewählt wurde;
matplotlib.use() muss \*vor\* pylab, matplotlib.pyplot aufgerufen werden.\*

Dies löst alle Anzeigeprobleme.