WaveIn ist einfach zu bedienen, es gibt jede Menge Beispielcode im Netz, und es gibt Ihnen einen Rückruf in der Art, wie Sie es brauchen.
DirectSound verwendet einen Ringpuffer und kann etwas umständlich einzurichten sein, und höchstwahrscheinlich müssen Sie sich um den Ringpuffer kümmern, anstatt "nur einen Puffer zu füllen". Mit DirectSound haben Sie jedoch eine bessere Kontrolle über das Audiomaterial, insbesondere eine etwas bessere Latenzzeit.
IMO ist es sehr unwahrscheinlich, dass Microsoft die Wave-API jemals verwerfen/entfernen wird. Das würde Tausende von Anwendungen zerstören. Ich glaube nicht, dass MS jemals eine Kern-API von Windows entfernt hat.
Ich würde also gehen