Plotten eines "Sequenzlogos" mit ggplot2?

Question

Ist es (einigermaßen) möglich, eine Sequenzlogo-Plot ggplot2 verwenden?

Dafür gibt es ein Paket, das auf "Grid" basiert und " seqLogo ", aber ich habe mich gefragt, ob es eine ggplot2-Version davon geben könnte.

Gracias.

Answer 1

Es gibt jetzt eine gglogo Paket (auch auf CRAN, eine weitere erstaunliche ggplot2-Erweiterung von Heike Hofmann).

Dieses Paket, das Plots wie diese erzeugt:

library(ggplot2)
library(gglogo)
ggplot(data = ggfortify(sequences, "peptide")) +      
  geom_logo(aes(x=position, y=bits, group=element, 
     label=element, fill=interaction(Polarity, Water)),
     alpha = 0.6)  +
  scale_fill_brewer(palette="Paired") +
  theme(legend.position = "bottom")

Das Beispiel stammt aus https://github.com/heike/gglogo/blob/master/visual_test/logos.R und es gibt ein Manuskript auf dem Paket hier: https://github.com/heike/logopaper/blob/master/logos.Rmd