Verwendung von openmp in Windows R, unterstützt rtools openmp?

Question

Ich habe viele Fehlermeldungen erhalten, als ich versucht habe, openmp in einem C++-Code zur Erstellung meines R-Pakets unter Windows 7 zu verwenden:

c:/rtools/mingw/bin/../lib/gcc/mingw32/4.5.0/libgomp.a(parallel.o):(.text+0x19): undefined      reference to `_imp__pthread_getspecific'
c:/rtools/mingw/bin/../lib/gcc/mingw32/4.5.0/libgomp.a(parallel.o):(.text+0x7a): undefined reference to `_imp__pthread_mutex_lock'
c:/rtools/mingw/bin/../lib/gcc/mingw32/4.5.0/libgomp.a(env.o):(.text+0x510): undefined reference to `_imp__pthread_mutex_init'

...

Unterstützt Rtools openmp nicht? Weiß jemand, wie man openmp in Windows R-Paketen verwenden kann?

Answer 1

Im Jahr 2015, Rtools hat openmp Unterstützung unter Windows, die sich gut mit Rcppp . Hier ist ein einfaches Beispiel für die Erstellung einer squares Funktion für numerische Vektoren:

// src/example.cpp

#include <Rcpp.h>
#include <omp.h>
// [[Rcpp::plugins(openmp)]]]

// [[Rcpp::export]]
Rcpp::NumericVector squares (Rcpp::NumericVector data)
{
  Rcpp::NumericVector result(data.size());
  #pragma omp parallel
  {
    Rcpp::Rcout << omp_get_num_threads() << std::endl;
    for (int i = 0; i < data.size(); i++) {
      result[i] = data[i] * data[i];
    }

  }
  return result;
}

Außerdem müssen wir Folgendes schaffen src/Makevars.win mit dem openmp Kompilierungskennzeichen. In diesem Beispiel wird das Beispiel src/Makevars wird unter Linux funktionieren:

# src/Makevars.win

PKG_CXXFLAGS = $(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS)
PKG_LIBS = $(SHLIB_OPENMP_CXXFLAGS)

Answer 2

Nein, nach den Diskussionen auf der R-devel Mailingliste . Es wurde auch in der Rcpp-Devel-Liste .

R selbst verwendet OpenMP unter Windows nicht, daher gibt es auch keine Unterstützung in Rtools. Auf anderen Betriebssystemen hat R natürlich OpenMP-Unterstützung.

Answer 3

Unter Bezugnahme auf diese Stellen (R-devel mailing list), habe ich versucht, OpenMP in Windows R-Paketen zu verwenden, indem ich TDM-GCC . Es scheint richtig zu laufen.

Ich empfehle jedoch, offiziell unterstützte Betriebssysteme zu verwenden. Ich weiß nicht, welche Probleme auftreten werden.