Bevor Sie anfangen, MVC- und Web-API-Projekte zu fusionieren, würde ich empfehlen, über Vor- und Nachteile nachzulesen, um diese als separate Projekte zu betrachten. Ein sehr wichtiger Punkt (meiner Meinung nach) sind Authentifizierungssysteme, die völlig unterschiedlich sind.
Wenn Sie authentifizierte Anfragen sowohl in MVC als auch in der Web-API verwenden müssen, sollten Sie bedenken, dass die Web-API RESTful ist (keine Sitzung speichern, einfache HTTP-Anfragen usw.), während MVC dies nicht ist.
Um die Unterschiede in der Implementierung zu sehen, erstellen Sie einfach zwei verschiedene Projekte in Visual Studio 2013 aus Vorlagen: eins für MVC und eins für Web-API (vergessen Sie nicht, während der Erstellung "Individual Authentication" einzuschalten). Sie werden viele Unterschiede in den AuthencationControllers sehen.
Also, seien Sie vorsichtig.