Sie sind es nicht. Jedes JS, das innerhalb des Iframe von Ihrer Domain aus verlinkt wird, wirkt im Kontext des Iframe. Abgesehen davon, dass es in einem ungewöhnlichen Container eingepfercht ist, sollte es genauso funktionieren, wie es funktionieren würde, wenn es unabhängig geladen würde.
Wenn sich Ihre Bedürfnisse jedoch ändern sollten, gibt es Möglichkeiten, Signale zwischen dem übergeordneten Frame und dem iframe zu senden, wenn beide Seiten JS für die Zusammenarbeit geschrieben haben. Es gibt Methoden, die das # in URLs verwenden, die vom Elternteil gelesen werden können und keine Seitenneuladungen erzwingen, und ich glaube, sie teilen sich das window.resize-Ereignis, das manuell ausgelöst werden kann, ohne die Größe des Fensters tatsächlich zu ändern.
UPDATE: Es gibt heute weitaus bessere Möglichkeiten zur Kommunikation zwischen domänenübergreifenden iframes, als es sie früher gab. Natürlich benötigen Sie immer noch kooperierende JS auf beiden Seiten, aber Sie können verwenden window.postMessage
anstatt Nachrichten über window.resize und data nach einem Rautensymbol in der URL auszulösen. Das war allerdings ein cooler Trick.