R read.xlsx gibt mir java.io.FileNotFoundException

Question

Ich versuche, das R-Paket zu verwenden xlsx um eine Datei zu laden, die auf der http://www.plosgenetics.org/article/fetchSingleRepresentation.action?uri=info:doi/10.1371/journal.pgen.1002236.s019

library(xlsx)
filename="/home/avilella/00x/mobile.element.insertions.1000g.journal.pgen.1002236.s019.xlsx"

system(paste("ls -l",filename))
-rw-rw-r-- 1 avilella avilella 2372143 2011-12-11 16:36 /home/avilella/00x/mobile.element.insertions.1000g.journal.pgen.1002236.s019.xlsx

Nach dem Herunterladen versuche ich, sie in R zu laden, indem ich read.xlsx o read.xlsx2 :

file <- system.file("mobile.element.insertions.1000g", filename, package = "xlsx")
res <- read.xlsx2(file, 1)  # read first sheet

Aber ich erhalte eine Fehlermeldung:

Fehler in .jnew("java/io/FileInputStream", file) : java.io.FileNotFoundException: (No such file or directory)

Irgendwelche Ideen?

Answer 1

1) xlsx-Paket. Versuchen Sie es mit file.choose die es Ihnen ermöglicht, interaktiv zu der Datei zu navigieren und so die Möglichkeit einer falschen Identifizierung auszuschließen:

fn <- file.choose()
DF <- read.xls(fn, 1)

2) gdata-Paket. Wenn das immer noch nicht funktioniert, können Sie Folgendes versuchen read.xls in gdata. Es verwendet ein Perl-Programm anstelle von Java. Es kann sowohl xls y xlsx Dateien und kann Daten direkt aus dem Netz lesen (indem er sie in eine temporäre Datei herunterlädt und von dort aus liest, ohne dass der Benutzer es merkt):

library(gdata)
URL <- "http://www.plosgenetics.org/article/fetchSingleRepresentation.action?uri=info:doi/10.1371/journal.pgen.1002236.s019"
DF <- read.xls(URL)

?read.xls in gdata enthält weitere Informationen.