data.frame-Spalten von Faktoren in Zeichen umwandeln

Question

Ich habe einen Datenrahmen. Nennen wir ihn bob :

> head(bob)
                 phenotype                         exclusion
GSM399350 3- 4- 8- 25- 44+ 11b- 11c- 19- NK1.1- Gr1- TER119-
GSM399351 3- 4- 8- 25- 44+ 11b- 11c- 19- NK1.1- Gr1- TER119-
GSM399352 3- 4- 8- 25- 44+ 11b- 11c- 19- NK1.1- Gr1- TER119-
GSM399353 3- 4- 8- 25+ 44+ 11b- 11c- 19- NK1.1- Gr1- TER119-
GSM399354 3- 4- 8- 25+ 44+ 11b- 11c- 19- NK1.1- Gr1- TER119-
GSM399355 3- 4- 8- 25+ 44+ 11b- 11c- 19- NK1.1- Gr1- TER119-

Ich möchte die Zeilen dieses Datenrahmens verketten (dies wird eine weitere Frage sein). Aber sehen Sie:

> class(bob$phenotype)
[1] "factor"

Bob Spalten sind Faktoren. Also, zum Beispiel

> as.character(head(bob))
[1] "c(3, 3, 3, 6, 6, 6)"       "c(3, 3, 3, 3, 3, 3)"      
[3] "c(29, 29, 29, 30, 30, 30)"

Ich verstehe das nicht ganz, aber ich vermute, dass es sich um Indizes für die Ebenen der Faktoren der Säulen (des Hofes von König Caractacus) von bob ? Nicht das, was ich brauche.

Seltsamerweise kann ich durch die Spalten von bob von Hand, und tun

bob$phenotype <- as.character(bob$phenotype)

was gut funktioniert. Und nach einiger Tipparbeit kann ich einen data.frame erhalten, dessen Spalten Zeichen und nicht Faktoren sind. Meine Frage lautet also: Wie kann ich dies automatisch tun? Wie kann ich einen data.frame mit Faktorenspalten in einen data.frame mit Zeichenspalten umwandeln, ohne jede Spalte manuell durchgehen zu müssen?

Zusatzfrage: Warum funktioniert der manuelle Ansatz?

Answer 1

Diese Funktion erfüllt diesen Zweck

df <- stacomirtools::killfactor(df)

Answer 2

Vielleicht eine neuere Option?

library("tidyverse")

bob <- bob %>% group_by_if(is.factor, as.character)

Answer 3

Dabei werden alle Zeichen in Zeichen umgewandelt und dann die Zahlen in Zahlen:

makenumcols<-function(df){
  df<-as.data.frame(df)
  df[] <- lapply(df, as.character)
  cond <- apply(df, 2, function(x) {
    x <- x[!is.na(x)]
    all(suppressWarnings(!is.na(as.numeric(x))))
  })
  numeric_cols <- names(df)[cond]
  df[,numeric_cols] <- sapply(df[,numeric_cols], as.numeric)
  return(df)
}

Angepasst von: Spaltentypen einer Excel-Tabelle automatisch abrufen