Speichern Sie sie als long ts = System.currentTimeMillis(). Dieses Format ist eigentlich TimeZone-sicher, da es die Zeit in UTC zurückgibt.
Wenn Sie nur einen Teil der Zeit benötigen, ist mir kein eingebauter Typ in Hib bekannt, aber das Schreiben eines eigenen Typs Time24 ist trivial - implementieren Sie einfach entweder org.hibernate.UserType oder org.hibernate.CompositeUserType (load=nullSafeGet und store=nullSafeSet Methoden in ihnen).
Siehe http://docs.jboss.org/hibernate/core/3.3/reference/en/html/mapping.html#mapping-types-custom
Aber ich würde trotzdem absolut Zeit sparen. Kann in Zukunft helfen.
P.S. Das alles setzt voraus, dass die Speicherung des Datums aus irgendeinem Grund nicht in Frage kommt. TimeZone in Date ist manchmal im Weg, wirklich ;)