Ich habe eine Liste von p-Werten und möchte die angepassten p-Werte für Mehrfachvergleiche berechnen für die FDR . In R, kann ich verwenden:
pval <- read.csv("my_file.txt",header=F,sep="\t")
pval <- pval[,1]
FDR <- p.adjust(pval, method= "BH")
print(length(pval[FDR<0.1]))
write.table(cbind(pval, FDR),"pval_FDR.txt",row.names=F,sep="\t",quote=F )
Wie kann ich diesen Code in Python implementieren? Hier war mein Versuch in Python mit Hilfe von Google:
pvalue_list [2.26717873145e-10, 1.36209234286e-11 , 0.684342083821...] # my pvalues
pvalue_lst = [v.r['p.value'] for v in pvalue_list]
p_adjust = R.r['p.adjust'](R.FloatVector(pvalue_lst),method='BH')
for v in p_adjust:
print v
Der obige Code wirft ein AttributeError: 'float' object has no attribute 'r'
Fehler. Kann mir jemand helfen, mein Problem aufzuzeigen? Vielen Dank im Voraus für die Hilfe!