Schleifenbildung durch den Inhalt einer Datei in der Bash

Question

Wie kann ich durch jede Zeile einer Textdatei iterieren mit Bash ?

Mit diesem Skript:

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

Ich erhalte diese Ausgabe auf dem Bildschirm:

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

(Später möchte ich etwas Komplizierteres machen mit $p als nur die Ausgabe auf dem Bildschirm).

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Die Umgebungsvariable SHELL ist (von env):

SHELL=/bin/bash

/bin/bash --version Ausgabe:

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat /proc/version Ausgabe:

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

Die Datei peptides.txt enthält:

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL

Answer 1

Antwort: Verwenden Sie für diese Aufgabe nicht die Bash, sondern die awk .

https://www.gnu.org/software/gawk/manual/gawk.html

#! /usr/bin/env awk -f

BEGIN { print("do anything you want here!"); }
{
   print("processing line: ", $0);
}
END { print("and anything else here!");

Und beschwören mit:

./awk-script.awk peptides.txt