Schleifenbildung durch den Inhalt einer Datei in der Bash

Question

Wie kann ich durch jede Zeile einer Textdatei iterieren mit Bash ?

Mit diesem Skript:

echo "Start!"
for p in (peptides.txt)
do
    echo "${p}"
done

Ich erhalte diese Ausgabe auf dem Bildschirm:

Start!
./runPep.sh: line 3: syntax error near unexpected token `('
./runPep.sh: line 3: `for p in (peptides.txt)'

(Später möchte ich etwas Komplizierteres machen mit $p als nur die Ausgabe auf dem Bildschirm).

---

Die Umgebungsvariable SHELL ist (von env):

SHELL=/bin/bash

/bin/bash --version Ausgabe:

GNU bash, version 3.1.17(1)-release (x86_64-suse-linux-gnu)
Copyright (C) 2005 Free Software Foundation, Inc.

cat /proc/version Ausgabe:

Linux version 2.6.18.2-34-default (geeko@buildhost) (gcc version 4.1.2 20061115 (prerelease) (SUSE Linux)) #1 SMP Mon Nov 27 11:46:27 UTC 2006

Die Datei peptides.txt enthält:

RKEKNVQ
IPKKLLQK
QYFHQLEKMNVK
IPKKLLQK
GDLSTALEVAIDCYEK
QYFHQLEKMNVKIPENIYR
RKEKNVQ
VLAKHGKLQDAIN
ILGFMK
LEDVALQILL

Answer 1

Verwenden Sie eine while-Schleife, etwa so:

while IFS= read -r line; do
   echo "$line"
done <file

Anmerkungen:

1. Wenn Sie nicht die IFS ordnungsgemäß, verlieren Sie die Einrückung.

2. Sie sollten fast immer die Option -r bei read verwenden.

3. Lesen Sie keine Zeilen mit for

Answer 2

Wenn Sie nicht wollen, dass Ihr Lesevorgang durch ein Zeilenumbruchzeichen unterbrochen wird, verwenden Sie -

#!/bin/bash
while IFS='' read -r line || [[ -n "$line" ]]; do
    echo "$line"
done < "$1"

Führen Sie dann das Skript mit dem Dateinamen als Parameter aus.

Answer 3

Nehmen wir an, Sie haben diese Datei:

$ cat /tmp/test.txt
Line 1
    Line 2 has leading space
Line 3 followed by blank line

Line 5 (follows a blank line) and has trailing space    
Line 6 has no ending CR

Es gibt vier Elemente, die die Bedeutung der Dateiausgabe, die von vielen Bash-Lösungen gelesen wird, verändern:

1. Die leere Zeile 4;
2. Führende oder nachgestellte Leerzeichen in zwei Zeilen;
3. Beibehaltung der Bedeutung der einzelnen Zeilen (d.h. jede Zeile ist ein Datensatz);
4. Die Zeile 6 wurde nicht mit einem CR abgeschlossen.

Wenn Sie die Textdatei zeilenweise mit Leerzeilen und abschließenden Zeilen ohne CR abfragen wollen, müssen Sie eine while-Schleife verwenden und einen alternativen Test für die letzte Zeile vorsehen.

Hier sind die Methoden, die die Datei verändern können (im Vergleich zu dem, was cat zurück):

1) Streichen Sie die letzte Zeile und die führenden und nachfolgenden Leerzeichen:

$ while read -r p; do printf "%s\n" "'$p'"; done </tmp/test.txt
'Line 1'
'Line 2 has leading space'
'Line 3 followed by blank line'
''
'Line 5 (follows a blank line) and has trailing space'

(Wenn Sie while IFS= read -r p; do printf "%s\n" "'$p'"; done </tmp/test.txt stattdessen bleiben die vor- und nachgestellten Leerzeichen erhalten, aber die letzte Zeile geht verloren, wenn sie nicht mit CR abgeschlossen wird)

2) Verwendung der Prozess-Substitution mit cat liest die gesamte Datei in einem Zug und verliert die Bedeutung der einzelnen Zeilen:

$ for p in "$(cat /tmp/test.txt)"; do printf "%s\n" "'$p'"; done
'Line 1
    Line 2 has leading space
Line 3 followed by blank line

Line 5 (follows a blank line) and has trailing space    
Line 6 has no ending CR'

(Wenn Sie die " von $(cat /tmp/test.txt) Sie lesen die Datei Wort für Wort und nicht in einem Zug. Wahrscheinlich auch nicht das, was beabsichtigt ist...)

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Die robusteste und einfachste Methode, eine Datei zeilenweise zu lesen und alle Abstände beizubehalten, ist:

$ while IFS= read -r line || [[ -n $line ]]; do printf "'%s'\n" "$line"; done </tmp/test.txt
'Line 1'
'    Line 2 has leading space'
'Line 3 followed by blank line'
''
'Line 5 (follows a blank line) and has trailing space    '
'Line 6 has no ending CR'

Wenn Sie führende und handelnde Leerzeichen entfernen möchten, entfernen Sie die IFS= Teil:

$ while read -r line || [[ -n $line ]]; do printf "'%s'\n" "$line"; done </tmp/test.txt
'Line 1'
'Line 2 has leading space'
'Line 3 followed by blank line'
''
'Line 5 (follows a blank line) and has trailing space'
'Line 6 has no ending CR'

(Eine Textdatei ohne abschließende \n ist zwar weit verbreitet, gilt aber unter POSIX als fehlerhaft. Wenn Sie sich auf die nachgestellten \n brauchen Sie nicht || [[ -n $line ]] im while Schleife.)

Mehr auf der BASH-FAQ

Answer 4

Das ist vielleicht die einfachste Lösung, und vielleicht funktioniert sie nicht in allen Fällen, aber für mich funktioniert sie hervorragend:

while read line;do echo "$line";done<peptides.txt

wenn Sie Leerzeichen in Klammern einschließen müssen:

while read line;do echo \"$line\";done<peptides.txt

Ahhh, das ist so ziemlich das Gleiche wie die Antwort, die am meisten hochgestimmt wurde, aber alles in einer Zeile.

Answer 5

Ich verwende gerne xargs anstelle von while . xargs ist leistungsstark und kommandozeilenfreundlich

cat peptides.txt | xargs -I % sh -c "echo %"

Mit xargs können Sie auch die Ausführlichkeit mit -t und Validierung mit -p