Ordnerverwaltung mit r: Überprüfen Sie das Vorhandensein eines Verzeichnisses und erstellen Sie es, wenn es nicht existiert.

Question

Ich finde oft, dass ich R-Skripte schreibe, die eine Menge Output generieren. Ich finde es sauberer, diesen Output in seinem eigenen Verzeichnis(zu) platzieren. Was ich unten geschrieben habe, überprüft die Existenz eines Verzeichnisses und wechselt dorthin oder erstellt das Verzeichnis und wechselt dann dorthin. Gibt es einen besseren Weg, dies anzugehen?

mainDir <- "c:/pfad/zum/hauptverzeichnis"
subDir <- "outputVerzeichnis"

if (file.exists(subDir)){
    setwd(file.path(mainDir, subDir))
} else {
    dir.create(file.path(mainDir, subDir))
    setwd(file.path(mainDir, subDir))

}

Answer 1

Ich hatte ein Problem mit R 2.15.3, bei dem ich beim Versuch, eine Baumstruktur rekursiv auf einem freigegebenen Netzlaufwerk zu erstellen, eine Berechtigungsfehlermeldung erhalten würde.

Um dieser Eigenart aus dem Weg zu gehen, habe ich die Struktur manuell erstellt;

mkdirs <- function(fp) {
    if(!file.exists(fp)) {
        mkdirs(dirname(fp))
        dir.create(fp)
    }
} 

mkdirs("H:/foo/bar")

Answer 2

Die Verwendung von file.exists(), um das Vorhandensein des Verzeichnisses zu testen, ist ein Problem im Originalbeitrag. Wenn subDir den Namen einer vorhandenen Datei enthielte (anstelle eines einfachen Pfads), würde file.exists() TRUE zurückgeben, aber der Aufruf von setwd() würde fehlschlagen, weil man das Arbeitsverzeichnis nicht auf eine Datei setzen kann.

Ich würde die Verwendung von file_test(op="-d", subDir) empfehlen, das "TRUE" zurückgibt, wenn subDir ein vorhandenes Verzeichnis ist, aber "FALSE", wenn subDir eine vorhandene Datei oder eine nicht vorhandene Datei oder Verzeichnis ist. Ebenso kann das Testen auf eine Datei mit op="-f" erreicht werden.

Zusätzlich, wie in einem anderen Kommentar beschrieben, ist das Arbeitsverzeichnis Teil der R-Umgebung und sollte vom Benutzer kontrolliert werden, nicht von einem Skript. Skripte sollten idealerweise die R-Umgebung nicht ändern. Um dieses Problem zu lösen, könnte ich options() verwenden, um ein global verfügbares Verzeichnis zu speichern, in dem ich all meine Ausgaben haben möchte.

Also, betrachten Sie die folgende Lösung, wobei someUniqueTag nur ein vom Programmierer definierter Präfix für den Optionnamen ist, was es unwahrscheinlich macht, dass bereits eine Option mit dem gleichen Namen existiert. (Zum Beispiel, wenn Sie ein Paket mit dem Namen "filer" entwickeln würden, könnten Sie filer.mainDir und filer.subDir verwenden).

Der folgende Code würde verwendet werden, um Optionen festzulegen, die später in anderen Skripts verwendet werden können (um so die Verwendung von setwd() in einem Skript zu vermeiden) und um das Verzeichnis bei Bedarf zu erstellen:

mainDir = "c:/Pfad/zum/hauptverzeichnis"
subDir = "outputVerzeichnis"

options(someUniqueTag.mainDir = mainDir)
options(someUniqueTag.subDir = "subDir")

if (!file_test("-d", file.path(mainDir, subDir)){
  if(file_test("-f", file.path(mainDir, subDir)) {
    stop("Der Pfad kann nicht erstellt werden, weil bereits eine Datei mit diesem Namen existiert.")
  } else {
    dir.create(file.path(mainDir, subDir))
  }
}

Dann, in einem beliebigen nachfolgenden Skript, das eine Datei in subDir manipulieren müsste, könnten Sie etwas wie das folgende verwenden:

mainDir = getOption(someUniqueTag.mainDir)
subDir = getOption(someUniqueTag.subDir)
filename = "zuErstellendeDatei.txt"
file.create(file.path(mainDir, subDir, filename))

Diese Lösung lässt das Arbeitsverzeichnis unter der Kontrolle des Benutzers.

Answer 3

Ich weiß, diese Frage wurde vor einiger Zeit gestellt, aber falls nützlich, das here Paket ist wirklich hilfreich, um spezifische Dateipfade nicht angeben zu müssen und den Code portabler zu machen. Es definiert automatisch Ihr Arbeitsverzeichnis als das Verzeichnis, in dem sich Ihre .Rproj Datei befindet, sodass oft folgendes ausreicht, ohne den Dateipfad zu Ihrem Arbeitsverzeichnis definieren zu müssen:

library(here)

if (!dir.exists(here(outputDir))) {dir.create(here(outputDir))}

Answer 4

Paket hutils (das ich erstellt habe) enthält die Funktionen provide.dir(path) und provide.file(path) zur Überprüfung der Verzeichnisse/Dateien unter path, wobei sie erstellt werden, wenn sie fehlen.

Answer 5

Um herauszufinden, ob ein Pfad ein gültiges Verzeichnis ist, versuchen Sie es mit:

file.info(cacheDir)[1,"isdir"]

file.info kümmert sich nicht um einen Schrägstrich am Ende.

file.exists scheitert auf Windows für ein Verzeichnis, wenn es mit einem Schrägstrich endet, und es gelingt ohne ihn. Daher kann dies nicht verwendet werden, um festzustellen, ob es sich um ein Verzeichnis handelt.

file.exists("R:/data/CCAM/CCAMC160b_echam5_A2-ct-uf.-5t05N.190to240E_level1000/cache/")
[1] FALSE

file.exists("R:/data/CCAM/CCAMC160b_echam5_A2-ct-uf.-5t05N.190to240E_level1000/cache")
[1] TRUE

file.info(cacheDir)["isdir"]