SSL verschlüsselt den gesamten Kommunikationsweg vom Client zum Server und zurück, daher werden ja - die Header verschlüsselt sein.
Übrigens, wenn Sie netzwerkfähige Anwendungen entwickeln und Wert auf Datensicherheit legen, sollten Sie mindestens ein Buch wie Practical Cryptography von Niels Ferguson und Bruce Schneier lesen, und wahrscheinlich weiterführende Literatur, die sich mehr auf die Sicherheit von Webanwendungen konzentriert, wäre eine gute Idee. Wenn ich eine Beobachtung machen darf - und bitte, das ist nicht als persönliche Kritik gemeint - Ihre Frage zeigt ein grundsätzliches Verständnis für sehr grundlegende Web-Sicherheitstechnologien, und das ist nie ein gutes Zeichen.
Außerdem ist es nie eine schlechte Idee, zu bestätigen, dass Daten, die als verschlüsselt angesehen werden, tatsächlich verschlüsselt sind. Sie können einen Netzwerkanalysator verwenden, um den Datenverkehr auf dem Draht zu überwachen und darauf achten, dass nichts Sensibles im Klartext gesendet wird. Ich habe schon Wireshark dafür verwendet - die Ergebnisse können manchmal überraschend sein.