JAXB generiert Factory-Methoden, die ein JAXBElement aus einer Objektinstanz erzeugen, nur dann, wenn Ihre XSD sowohl eine complexType-Definition als auch eine separate Element-Definition enthält, die diesen complexType mit dem gleichen Namen verwendet, zum Beispiel:
<complexType name="my-type">
...
</complexType>
<element name="my-type" type="tns:my-type"/>
In diesem Fall versieht JAXB die generierte Klasse nicht mit einer @XmlRootElement-Annotation, sondern stellt die Factory-Methoden bereit, die Sie benötigen, um ein JAXBElement aus der Objektinstanz zu erstellen. Auf diese Weise können Sie Instanzen von Nicht-Root-Element-Typen problemlos als Root-Elemente serialisieren.
Fügen Sie also einfach eine "element"-Deklaration mit demselben Namen zusätzlich zu jeder complexType-Definition hinzu, die Sie als Element der obersten Ebene verwenden wollen, und ObjectFactory wird die erwarteten Fabrikmethoden generieren.