Ja, sie sind im IL - starte Reflector und du wirst sie sehen. Wenn sie nicht im IL gelandet wären, könntest du nicht gegen sie als Bibliotheken kompilieren. (Und ja, du kannst .exe-Dateien referenzieren, als wären sie Klassenzugriffe.)
Allerdings wird dies alles einmal in JIT aufgelöst.
Halte Namen lesbar, damit du den Code in Zukunft weiterhin pflegen kannst. Das Leistungsproblem wird wahrscheinlich keinen messbaren Unterschied machen, und wenn du deinen Code verschleiern möchtest, mache es nicht auf der Ebene des Quellcodes (wo du derjenige bist, der den Code liest) - verwende einen speziell entwickelten Obfuskator.
EDIT: Was inbegriffen ist - warum startest du nicht einfach Reflector oder ildasm und findest es heraus? Soweit ich mich erinnere, verlierst du die Namen von lokalen Variablen (die in der pdb-Datei vorhanden sind, wenn du sie erstellst), aber das ist auch schon alles. Private Methodennamen und private Variablennamen sind immer noch vorhanden.