Ich weiß nicht viel über Git unter Windows, aber...
Ich habe den Eindruck, dass Git das Rückgabeformat so konvertiert, dass es dem Format der laufenden Plattform (Windows) entspricht. CRLF ist das Standardrückgabeformat in Windows, während LF das Standardrückgabeformat für die meisten anderen Betriebssysteme ist.
Die Chancen stehen gut, dass das Rückgabeformat richtig angepasst wird, wenn der Code in ein anderes System übertragen wird. Ich gehe auch davon aus, dass Git intelligent genug ist, um Binärdateien intakt zu halten, anstatt zu versuchen, LFs in CRLFs zu konvertieren, zum Beispiel in JPEGs.
Zusammenfassend lässt sich sagen, dass Sie sich wahrscheinlich nicht allzu viele Gedanken über diese Umstellung machen müssen. Wenn Sie Ihr Projekt jedoch als Tarball archivieren, werden Ihre Kollegen es wahrscheinlich zu schätzen wissen, wenn Sie Zeilenabschlüsse in LF statt in CRLF haben. Je nachdem, wie sehr Ihnen das am Herzen liegt (und je nachdem, dass Sie nicht Notepad benutzen), sollten Sie Git so einstellen, dass es LF-Zeilen verwendet, wenn Sie können :)
Anhang: CR ist ASCII-Code 13, LF ist ASCII-Code 10. CRLF besteht also aus zwei Bytes, während LF ein Byte ist.