Klicken Sie in einem der Unterordner, die nicht bereitgestellt werden, mit der rechten Maustaste auf jede Datei und überprüfen Sie deren Eigenschaften: Build Action und Copy to Output Directory. Vergewissern Sie sich, dass die Build-Aktion auf "Inhalt" und die Option "In Ausgabeverzeichnis kopieren" auf "Immer kopieren" (oder "Kopieren, wenn neuer") eingestellt ist. Eine schnelle Möglichkeit, alle Dateieigenschaften zu ändern, besteht darin, alle Dateien zu markieren und dann mit der rechten Maustaste auf Eigenschaften zu klicken, um alle Werte auf einmal zu ändern.
Ich möchte diese Antwort mit einem Satz einleiten: Ich gehe davon aus, dass ein Web-Deployment-Projekt mit einem Click-Only-Deployment vergleichbar ist, worauf ich mich bei meiner Antwort stütze :)