Zeilen mit allen oder einigen NAs (fehlenden Werten) im data.frame entfernen

Question

Ich würde gerne die Zeilen in diesem Datenrahmen entfernen, die:

a) enthalten NA s über alle Spalten hinweg. Nachfolgend finden Sie ein Beispiel für einen Datenrahmen.

             gene hsap mmul mmus rnor cfam
1 ENSG00000208234    0   NA   NA   NA   NA
2 ENSG00000199674    0   2    2    2    2
3 ENSG00000221622    0   NA   NA   NA   NA
4 ENSG00000207604    0   NA   NA   1    2
5 ENSG00000207431    0   NA   NA   NA   NA
6 ENSG00000221312    0   1    2    3    2

Im Grunde möchte ich einen Datenrahmen wie den folgenden erhalten.

             gene hsap mmul mmus rnor cfam
2 ENSG00000199674    0   2    2    2    2
6 ENSG00000221312    0   1    2    3    2

b) enthalten NA s nur in einigen Spalten so kann ich auch dieses Ergebnis erhalten:

             gene hsap mmul mmus rnor cfam
2 ENSG00000199674    0   2    2    2    2
4 ENSG00000207604    0   NA   NA   1    2
6 ENSG00000221312    0   1    2    3    2

Answer 1

delete.dirt <- function(DF, dart=c('NA')) {
  dirty_rows <- apply(DF, 1, function(r) !any(r %in% dart))
  DF <- DF[dirty_rows, ]
}

mydata <- delete.dirt(mydata)

Die obige Funktion löscht alle Zeilen aus dem Datenrahmen, die in irgendeiner Spalte "NA" enthalten, und gibt die resultierenden Daten zurück. Wenn Sie auf mehrere Werte prüfen wollen, wie NA y ? ändern dart=c('NA') in der Funktion param zu dart=c('NA', '?')

Answer 2

Ich vermute, dass dies auf diese Weise eleganter gelöst werden könnte:

  m <- matrix(1:25, ncol = 5)
  m[c(1, 6, 13, 25)] <- NA
  df <- data.frame(m)
  library(dplyr) 
  df %>%
  filter_all(any_vars(is.na(.)))
  #>   X1 X2 X3 X4 X5
  #> 1 NA NA 11 16 21
  #> 2  3  8 NA 18 23
  #> 3  5 10 15 20 NA